Výzkumná činnost Ústavu etnologie se orientuje převážně na etnologické, kulturně antropologické a folkloristické uchopování problematiky související s kolektivními identitami a sociokulturními procesy v Evropě a vybraných regionech světa. Sjednocujících pojmem, který zastřešuje rozmanitá témata orientace, je dvojice pojmů oboru imanentní – kultura a etnicita. Studium antropologicky chápaných kultur a etnicity je opřeno jednak o konceptuální rozbory se stálým zřetelem k výsledkům i zájmům příbuzných historických, sociálních a humanitních věd, jednak je toto generalizující zkoumání doplňováno empirickými analýzami, jejichž rozvinutí je posláním druhé dominantní perspektivy, totiž terénním výzkumem založeného případového studia (tedy etnografií). Vedle konceptů kultury a etnicity se výzkumná činnost Ústavu opírá o další trojici pojmů s tímto oborem tradičně spojovaných – pojmu tradice chápané jako dynamický proces konstruující kulturní realitu, konceptu performance chápané jako sociální praktika, a v neposlední řadě moderně chápaný koncept folkloru analyzovaného v širším kulturním kontextu.

V oblasti kulturní antropologie je současný výzkum zaměřen především na problematiku etnicity, příbuzenství a antropologii práce. V oblasti evropské etnologie je výzkum zaměřen především na problematiku festivit a veřejných performancí v historické perspektivě a teoretické aspekty materiální kultury. V oblasti folkloristiky je výzkum zaměřen především na vztahy slovesného, respektive prozaického folkloru a literatury a analýzy sociálního a kulturního kontextu folklorních textů v současnosti.